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單堿基編輯實驗

簡要描述:單堿基編輯實驗是一種基于CRISPR系統(tǒng)的精準(zhǔn)基因編輯技術(shù),可在不誘導(dǎo)DNA雙鏈斷裂(DSB)的前提下,直接實現(xiàn)基因組中單個堿基的定向轉(zhuǎn)換。其核心突破在于規(guī)避了傳統(tǒng)CRISPR-Cas9依賴的DSB修復(fù)路徑(如易出錯的NHEJ),顯著提升編輯安全性與精確度。

  • 更新時間:2025-07-17
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詳細(xì)介紹

一、技術(shù)定義與核心突破

單堿基編輯是一種基于CRISPR系統(tǒng)的精準(zhǔn)基因編輯技術(shù),可在不誘導(dǎo)DNA雙鏈斷裂(DSB)的前提下,直接實現(xiàn)基因組中單個堿基的定向轉(zhuǎn)換。其核心突破在于規(guī)避了傳統(tǒng)CRISPR-Cas9依賴的DSB修復(fù)路徑(如易出錯的NHEJ),顯著提升編輯安全性與精確度。

生物學(xué)意義:58%的人類遺傳性疾病由單堿基突變(SNVs)引起,該技術(shù)為這類疾病提供了革命性治療策略。


二、分子機(jī)制與核心組件

1. 編輯原理

單堿基編輯通過融合催化失活的Cas9蛋白(dCas9或切口酶nCas9)與堿基脫氨酶,形成復(fù)合物實現(xiàn)對目標(biāo)堿基的定向修改:

  • 脫氨反應(yīng):脫氨酶將特定堿基轉(zhuǎn)化為中間產(chǎn)物(如胞嘧啶→尿mi啶,腺嘌ling→次黃嘌ling)。

  • 細(xì)胞修復(fù):DNA修復(fù)機(jī)制將中間產(chǎn)物轉(zhuǎn)化為目標(biāo)堿基(如尿mi啶→胸腺嘧啶,次黃嘌ling→鳥嘌ling)。

2. 編輯流程

3. 編輯窗口

  • 受sgRNA與PAM序列限制,有效編輯窗口通常為4-8個堿基(窗口位置因編輯器類型而異)。

  • 染色質(zhì)結(jié)構(gòu)(如異染色質(zhì)區(qū))可能降低編輯效率。


三、編輯器類型與技術(shù)演進(jìn)

1. 主流編輯器分類

類型脫氨酶堿基轉(zhuǎn)換技術(shù)里程碑優(yōu)化策略
胞嘧啶堿基編輯器(CBE)APOBEC1/CDA/AIDC→T / G→A2016年David Liu團(tuán)隊開發(fā)(BE1-BE4)融合UGI抑制尿mi啶糖基化酶
腺嘌ling堿基編輯器(ABE)TadA+A→G / T→C2017年David Liu團(tuán)隊開發(fā)工程化TadA*7.10高活性變體
鳥嘌ling堿基編輯器(GBE)胞嘧啶脫氨酶+UNGC→G / G→C2021年Zhao等開發(fā)聯(lián)合糖基化酶促C→G轉(zhuǎn)換
先導(dǎo)編輯器(PE)逆轉(zhuǎn)錄酶+切口酶nCas9多堿基編輯2019年Anzalone等開發(fā)pegRNA設(shè)計優(yōu)化編輯范圍

2. 關(guān)鍵創(chuàng)新

  • 編輯效率提升

    • 引入UNG抑制蛋白(如UGI),阻止尿mi啶被錯誤修復(fù),使CBE效率提高3倍。

    • 雙AAV載體遞送系統(tǒng)解決大片段編輯器包裝難題(如PE系統(tǒng)>6kb)。

  • 脫靶控制

    • 高保真Cas9變體(HypaCas9)降低非特異性結(jié)合。

    • RNA脫靶抑制劑(如SECURE-BE)阻斷編輯器與游離RNA結(jié)合。


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